1951年7月11日创办，称“广西省第四医士学校”。

2003年，经教育部批准升格更名为“柳州医学高等专科学校”，同时将原柳州地区人民医院、柳州地区卫生学校归属学校管理。

2013年4月，原广西工学院与原柳州医学高等专科学校合并成立广西科技大学得到教育部正式批准。学校成立医学院，2014年起陆续开设医学类本科专业。

2018年12月，根据新时代高等教育改革发展要求，结合学校实际，成立广西科技大学医学部，统筹各项医学教育工作。

2024年7月，医学部与生物与化学工程学院联合成功申报生物与医药硕士专业学位授权点，实现办学层次再次提升。